Rezistencija na antibiotike postaje sve veći problem. Tijekom pandemije bolesti COVID-19 propisivanje stomatoloških antibiotika poraslo je u većini zemalja. Zbog karantene i smanjenog pristupa stomatološkoj skrbi došlo je do porasta zubnih apscesa i hitnih stomatoloških tretmana koji zahtijevaju antibiotsku terapiju.
Značajnu ulogu u nastanku rezistencije ima samoliječenje. Mnogi ljudi izbjegavaju posjet liječniku i uzimaju antibiotike bez recepta u zemljama gdje je to dostupno ili koriste ostatke antibiotika od prijašnje terapije. Antibiotici se piju samo ukoliko ih je propisao liječnik jer tada postoji indikacija za njihovo korištenje. Također, antibiotska terapija se mora dovršiti do kraja, a ne prekidati u pola liječenja kada se simptomi smanje.
Porast rezistencije na antibiotike bit će sve veći problem u budućnosti jer će antibiotici djelovati sve slabije na određene bakterije. Kako bi se umanjila rezistencija u stomatologiji potrebno je raditi na prevenciji karijesa jer njegovim napredovanjem dolazi do liječenja živca i do potencijalnog nastanka apscesa i granuloma. Dobrom oralnom higijenom smanjuje se mogućnost nastanka gingivitisa i parodontne bolesti koji mogu uzrokovati nastanak parodontnih apscesa i potrebu za antibiotskom terapijom. Ako stomatolog propiše antibiotsku terapiju, ona se mora dovršiti do kraja i koristiti prema uputama.